Tota la guerra comporta desfetes irreparables. La Confraria no en quedà al marge. Els majorals i ànima era llavors un tarragoní anomenat Albert Bonet Mercadé (1876-1936). Al moment de l'esclat de la revolució tenia en el seu domicili del carrer Claris, una imatge de Sant Magí esculpida pel recordat Ramon Amadéu, i que des de més de cent anys, presidia totes les festes de la Confraria.

Mitjançant una denúncia, el 3 de novembre de 1936, el seu domicili fou escorcollat destruïts tots els objectes religiosos. Al ser detingut s'emportà amb ell aquella imatge i demanà que fos respectada per la seva vàlua artística. Malgrat el seu esforç la imatge desaparegué i el Sr. Bonet fou mort en el cementiri de Montcada.

L'activitat de la Confraria fou paralitzada i abandonà l'església de Santa Clara.