A les darreries del segle XVI, fou instituïda la Confraria de Sant Magí a l'església del monestir i parròquia de Sant Pere de les Puel·les de Barcelona. Un grup de persones devotes del nostre Màrtir, residents a Barcelona, instaren l'Abadessa del monestir, Brígida Millars, per tal de constituir-se en confraria en honor del Sant.

El 19 d'abril de 1580, foren presentats els estatuts per a la seva aprovació al Bisbe de Barcelona doctor Dimes Lloris, amb el títol de: "ORDINACIONS D'UNA CONFRARIA INSITUIDA EN SANT PERE DE LES PUEL·LES A HONOR I GLÒRIA DE SANT MAGÍ".

Els capítols de les ordenances, tractaven de l'elecció dels majorals, comptadors i "andadors", així com del nomenament d'un notari per regir els llibres de l'entitat. També contemplava que les persones que s'inscrivissin a la confraria no estaven obligades a donar res, tan sols la seva voluntat.

Es regulava que la inscripció dels confrares fos feta en els llibres de matrícula: un pels homes i un altre per les dones. Igualment es reglamentava la publicació de l'anunci de la festa de Sant Magí, les normes per a la setmanal en sufragi dels confrares difunts.

Finalment es disposava que cremés un llum d'oli davant de la capella i de la imatge de Sant Magí.

Cal dir que abans de la constitució de la Confraria, ja existia a la mateixa església una capella dedicada al Sant. El retaule i la imatge foren esculpides per l'escultor Martín Diez de Liatzasolo.

Els prohoms que fundaren la Confraria foren: Reverends Bartolomè Vilanova i Pere Guancer, domers de l'església. Vint membres de la comunitat de Beneficiats i els ciutadans de Barcelona, Serapi de Sorribes, donzell, i Bartolomè Soldevila, peraire.

També es celebraven les vigílies de la festivitat del Sant: Hi assistien els Beneficiats i capellans de l'església. Era obligació de l'Abadessa i dels majorals de la Confraria que, vuit dies abans de la festa "fer notificar així per albarans com per altres vies a ells ben vistes, la jornada de dita festa, a fi que sie en facultat llur venir a la dita Iglesia de Sant Pere per oir missa i sermó de dit gloriós Sant Magí a guanyar-hi los perdons acostumats".

Un any després de la seva fundació, amb motiu del pas de Barcelona del llegat pontifici a Espanya, el cardenal Alejandro Riario, la Confraria aconseguí unes gràcies espirituals que li foren atorgades per un document signat a Barcelona el 30 d'agost de 1581.

Les principals gràcies eren: indulgència plenària a l'hora de la mort pels inscrits a la Confraria, i altres indulgències pels visitants de la Capella del Sant el dia de la seva festivitat, o bé que assistissin als actes devots al seu honor o participessin en els sufragis pels confrares difunts.

El 1595 les gràcies foren renovades i ampliades pel decret del Papa Clement VIII, signat a Roma el 1 de març de 1595.